成體干細胞的應用主要是器官修復和功能恢復。最常用的是自體移植，如骨髓、外周血和臍血的造血干細胞移植；以及間充質(zhì)干細胞的移植。

由于一些成體干細胞具有側(cè)向分化的能力，可以使用一種細胞來修復不同的組織。例如，間充質(zhì)干細胞可以分化成骨、軟骨、脂肪和血液組織。

例如，皮膚干細胞用于修復燒傷和受損的皮膚；使用牙髓干細胞修復牙周組織和牙骨質(zhì)是已經(jīng)實現(xiàn)或預期的現(xiàn)實。